Начать следует с того, что и так называемая атомная, и водородная бомбы относятся к ядерному оружию, ещё шире — к категории оружия массового поражения. В основе обеих лежат физические процессы, происходящие в ядрах элементов, с выделением энергии — это может быть процесс распада или синтеза.
«Атомная бомба» — вид ядерного оружия, энергия взрыва которого высвобождается в ходе реакции деления ядер тяжёлых элементов с образованием более лёгких элементов. Чаще всего используется изотоп урана-235 или плутоний. Цепная реакция деления ядер является некотролируемой и лавинообразной. Данный вид ядерного оружия является однофазным или по-другому одноступенчатым — в нём задействуется только один процесс.
Водородная бомба — вид ядерного оружия, энергия взрыва которого высвобождается в ходе термоядерной реакции синтеза ядер тяжёлых элементов из более лёгких. Чаще всего в качестве сырья используется изотоп водорода дейтерий (отсюда и название), а в ходе реакции происходит образование ядра гелия. Данный вид ядерного оружия является двух- (и более) фазным или дву- (и более) ступенчатым. При этом в качестве первой ступени обычно выступает реакция деления ядер (чаще всего уран-238), термоядерный синтез происходит на второй ступени.
За водородной бомбой закреплялось так же название «чистого оружия», поскольку радиоактивного заражения в теории от неё оставалось меньше. Связано это с тем, что реакции деления (ввиду которых и остаётся радиоактивное заражение) всё равно используются в данном виде оружия, так что его нельзя никак назвать «чистым», к концу 70 годов 20 века это выходит из употребления. Тем не менее, степень радиоактивности бомбы можно ограничить, не прибегая к использованию третьей ступени и минимизируя первую. В атомной же бомбе радиационное поражение выступает одним из важных разрушительных факторов, этого у неё не отнять.
Ещё одно немаловажное отличие — мощность бомбы. Теоретически, мощность термоядерного оружия не ограничена никакими условиями, кроме количества сырья — что позволяет рассуждать о потенциальной возможности создания бомбы, уничтожающей всю Землю. Мощность водородной бомбы во много раз превышает максимальную мощность атомной бомбы.